De acuerdo a Esri, la extensión 3D Analyst de ArcGIS proporciona herramientas para la creación, visualización y análisis de datos SIG en un contexto tridimensional; la función ArcScene por ejemplo permite crear y animar ambientes 3D. Personalmente utilizo 3D Analyst para el modelado de capas geológicas y datos de agua subterránea relacionada captaciones he hidráulica subterránea.
Acá les dejo una serie de tutoriales de es importante herramienta